Zeemagnesium wordt uit zeewater gewonnen door middel van een verdampings- en concentratieproces, waarmee de van nature in de oceaan aanwezige minerale zouten worden geïsoleerd. In tegenstelling tot synthetisch magnesium (bisglycinaat, citraat, oxide), dat via een chemische reactie in het laboratorium wordt verkregen, behoudt zeemagnesium een volledig natuurlijke oorsprong, zoals door de fabrikanten wordt benadrukt. Dit spreekt consumenten aan die op zoek zijn naar producten die als minder bewerkt worden beschouwd.
Het belangrijkste verschil zit in de samenstelling: marien magnesium komt van nature voor in de vorm van magnesiumchloride, in combinatie met een reeks mariene sporenelementen, waaronder kalium, terwijl bij synthetische vormen alleen magnesium wordt geïsoleerd, gebonden aan een specifieke verbinding die is gekozen om de verdraagbaarheid of opname ervan te optimaliseren. Zeemagnesium bevat doorgaans een lagere concentratie aan elementair magnesium per capsule dan bisglycinaat, waardoor soms meer capsules moeten worden ingenomen om een gelijkwaardige dosis te bereiken.
Magnesiumchloride heeft een redelijke biologische beschikbaarheid, vergelijkbaar met die van andere anorganische magnesiumzouten, maar over het algemeen lager dan die van bisglycinaat dat aan een aminozuur is gebonden. De verdraagbaarheid voor de spijsvertering varieert ook van persoon tot persoon: chloride kan bij een gelijkwaardige dosering een sterker laxerend effect hebben dan gechelateerde vormen, iets om rekening mee te houden bij een gevoelige darm of bij een neiging tot slaapstoornissen die verergerd worden door nachtelijke spijsverteringsklachten.
Zeewater bevat van nature, naast magnesium, calcium, zink in sporenhoeveelheden en talrijke andere sporenelementen in zeer kleine hoeveelheden. Hoewel deze rijkdom aan mineralen commercieel vaak wordt benadrukt, zijn de hoeveelheden van deze bijbehorende elementen over het algemeen te klein om op zichzelf een significante voedingswaarde te hebben: het belang van het product ligt vooral in de toevoer van magnesium.
De kwaliteit van zeemagnesium hangt grotendeels af van het gebied waar het wordt gewonnen en het zuiveringsproces dat de fabrikant gebruikt, aangezien bepaalde zeewateren, afhankelijk van hun geografische herkomst, mogelijk sporen van zware metalen kunnen bevatten. Net als bij ijzer of andere mineralen is het belangrijker om een merk te kiezen dat transparant is over de geografische herkomst van de bron en over de uitgevoerde zuiverheidscontroles, dan alleen af te gaan op marketingclaims op de verpakking.
Net als bij andere vormen van magnesium wordt bij vermoeidheid, nervositeit of stressgerelateerde spanningen doorgaans een kuur van 4 tot 8 weken met een gematigde dosering aanbevolen. Omdat de concentratie aan elementair magnesium vaak lager is dan bij andere vormen, is het raadzaam om op het etiket de werkelijke hoeveelheid magnesium per dosis te controleren in plaats van uitsluitend af te gaan op het totale gewicht van het product, waarin ook het chloride en de bijbehorende sporenelementen zijn meegerekend.
De algemene voorzorgsmaatregelen met betrekking tot magnesium gelden volledig ook voor zee-magnesium: mensen met nierinsufficiëntie moeten absoluut medisch advies inwinnen alvorens met suppletie te beginnen, aangezien de nieren verantwoordelijk zijn voor de afvoer van overtollig magnesium en de meeste bijbehorende sporenelementen. Bij een hinderlijk laxerend effect kan de dosering worden verlaagd of de inname over de dag worden verdeeld; hierdoor verbetert de spijsvertering doorgaans zonder dat de kuur hoeft te worden gestaakt.