Un microbe est un organisme microscopique — bactérie, virus, champignon ou protozoaire — invisible à l'œil nu mais omniprésent dans notre environnement et dans notre propre corps. Leur relation avec l'être humain est loin d'être uniquement antagoniste : la grande majorité des microbes qui colonisent notre organisme sont inoffensifs, voire indispensables à notre santé. On les appelle les microbes commensaux, et ils constituent le microbiote — cet écosystème microbien qui peuple nos intestins, notre peau, nos muqueuses buccales et vaginales. Seule une minorité de microbes sont pathogènes, c'est-à-dire capables de provoquer des maladies.
La distinction entre microbe pathogène et commensal n'est pas toujours absolue : certains microbes normalement inoffensifs peuvent devenir pathogènes lorsque les défenses immunitaires sont affaiblies (immunodépression, antibiothérapie prolongée, stress chronique), un phénomène appelé infection opportuniste. C'est pourquoi le maintien d'un système immunitaire équilibré est aussi important que la lutte directe contre les agents pathogènes.
Le microbiote intestinal — anciennement appelé flore intestinale — abrite environ 100 000 milliards de micro-organismes appartenant à plus de 1 000 espèces différentes. Loin d'être passif, ce microbiote joue des rôles physiologiques essentiels :
La dysbiose — déséquilibre du microbiote — est associée à de nombreuses pathologies : infections digestives récidivantes, troubles fonctionnels intestinaux, maladies inflammatoires, et vulnérabilité accrue aux infections virales et bactériennes. Les probiotiques (Lactobacillus, Bifidobacterium) et les prébiotiques (fibres solubles fermentescibles) permettent de soutenir et restaurer cet équilibre microbien, notamment après une prise d'antibiotiques qui perturbe profondément la diversité bactérienne intestinale.
La protection contre les microbes pathogènes repose sur deux axes complémentaires : les mesures barrières et le renforcement des défenses immunitaires. Les mesures barrières incluent le lavage des mains à l'eau et au savon (méthode de référence), l'utilisation de désinfectants et de gels hydroalcooliques dans les contextes à risque, la cuisson complète des aliments, et la vaccination contre les microbes pour lesquels un vaccin efficace existe (grippe, hépatites, pneumocoque).
Sur le plan nutritionnel, plusieurs micronutriments soutiennent directement la résistance aux infections microbiennes : la vitamine C stimule la production et la migration des leucocytes, la vitamine D3 active les macrophages et renforce les défenses antivirales, et le zinc est essentiel à la prolifération des lymphocytes T. L'échinacée (EMA usage bien établi) constitue un soutien phytothérapeutique reconnu pour les infections respiratoires virales bénignes, en cure de 2 à 4 semaines. Enfin, le microbiote cutané, tout comme le microbiote intestinal, représente une barrière naturelle contre les microbes pathogènes qu'il convient de préserver par une hygiène adaptée — ni trop agressive ni insuffisante.
